После высылки из России иезуитов (1719 г.) приход костела в Греческой слободе Петербурга оказался во власти представителей ордена св. Франциска (сначала капуцинов, затем реформатов). В ночь на 25 июня 1737 г. в слободе произошел пожар, и храм католиков сгорел вместе с госпицией, что заставило мирян и духовенство усиленно работать над созданием нового церковного комплекса [1, л. 31об.]. Правительство Анны Иоанновны уже через год выделило для этих целей земельный участок на «Невской перспективе» [2, с. 612; 3, с. 65], и начался новый период в истории петербургского католичества – очень непростой, сопряженный с поиском средств на строительство и возможностей интеграции разнонациональных групп верующих. Все это потребовало от приходского духовенства высоких нравственных и деловых качеств, которыми, по счастью, обладал тогдашний префект миссии итальянец Карло де Лука (Карло Франциско а Лукора), возглавлявший приход с 1735 г. до самой своей смерти, последовавшей в 1752 г. Де Лука пользовался большим авторитетом и доверием у всех групп прихожан, что дало им возможность сохранить церковное единство в сложных переходных условиях (о работе петербургского католического духовенства в предшествующий период и вообще о приходе см. специальные публикации [4; 5, с. 77–83]).

В 1740-е гг., наряду с Карло де Лука, приход окормляли францисканцы Карл Франциск Людовик из Ниццы (по меньшей мере, с 1746 по 1756 г.) [6, л. 1об.–33], немцы Сабиниан Пофф (1746–1753) [6, л. 1об.–21] и Гелазиус Фёдерль (1747–1755) [6, л. 4–30]. В 1751 г. к ним присоединился Антонио Франциск из Турина (да Торино), который после смерти о. Карло был утвержден конгрегацией пропаганды префектом миссии [6, л. 17]. Тогда же вновь вспыхнула межнациональная рознь – по словам Гелазиуса Фёдерля, начались «соблазнительные споры в кирхе нашей, несогласия, распри, ненависть и оглашение (…), кажется, что с пастором Каролусом вся любовь, радость, мир и духовное утешение под землею скрылись» [7, л. 19об.]. Назначение префектом итальянца Франциско да Торино в апреле 1753 г. вызвало протесты у прихожан-немцев, желавших видеть во главе миссии своего соотечественника Сабиниана Поффа. Антонио да Торино добился отозвания «пастора Сабиниония» из России в том же 1753 г., а в дальнейшем интриговал против Гелазиуса, требуя его изгнания, о чем последний жаловался российскому вице-канцлеру М.И. Воронцову в личном письме от 16 августа 1755 г. [7, л. 19]. Вице-канцлер в свое время покровительствовал Карло де Лука, а Гелазиус считал себя другом отца Карло, почему и решил обратиться за помощью к Воронцову. Тем не менее заступничество вице-канцлера не помогло Гелазиусу, т.к. на стороне Антонио да Торино находились великий князь Петр Федорович и его супруга Екатерина Алексеевна, будущая императрица Екатерина II. К тому же Фёдерль часто подвергался нападкам со стороны итальянцев и французов, осуждавших его поведение, вследствие чего в 1755 г. он, в свою очередь, был вынужден покинуть Россию. Однако это не стало безоговорочной победой итальянцев, поскольку стремившийся к диктату Антонио да Торино не сумел договориться даже со своим соотечественником Карлом Франциском из Ниццы – между ними в 1756 г. вспыхнул конфликт, о котором М.И. Воронцов писал в Рим своему другу кардиналу Александру Албани [7, л. 1]. Несговорчивость и категоричность патера Антонио (о котором чиновники конгрегации, кстати, писали, что такой пастырь не может воспитывать в смирении и воздержании своих прихожан, «не может учинить их так добрыми и прямыми христианами» [7, л. 5]) привела к усиленной ротации приходского духовенства во второй половине 1750-х гг. Метрическая книга фиксирует имена следующих священников, осуществлявших крещения в тот период и сменявших друг друга: о. Гаспар Шлимбак (Gaspar Schlimback) (декабрь 1754 г. – 1757 г.), о. Пьетро Антонио (1755 г.); патер Супенир (1755 г.); о. Винченцо (сентябрь 1755 г. – 1756 г.); о. Иоанн Маркиз (Joanne Marquise) (1756 г.); о. Дисмас Грамэн (Dismas Grasmain) (март 1758 г.) [6, л. 21–50]. Некоторые священники, впрочем, прослужили не один год и принесли немалую пользу приходу – к ним следует отнести о. Иоанна Провина (Joanne Provin, Жан Провэн?) (август 1755 г. – 1761 г.) и Рафаэля Медиоланского (Raphaele a Mediolano) (1758–1761 гг.) [6, л. 21–58].

Конфликт между патерами Антонио да Торино и Карлом из Ниццы усугубили немцы-прихожане, подавшие жалобу императрице Елизавете Петровне на «нестроения в их церкви». Елизавета Петровна повелела Юстиц-коллегии лифляндских и эстляндских дел начать следствие. В результате конгрегация пропаганды веры, следуя пожеланию М.И. Воронцова и определению Юстиц-коллегии лифляндских и проч. дел, 22 мая 1756 г. повелела выехать из России обоим патерам – Карлу из Ниццы и Антонио из Турина, но страну покинул только один из них. Отец Антонио не пожелал подчиниться курии, «замешкался» в Петербурге, отговариваясь тем, что в городе нет «нового префекта, кому бы он мог поручить правление церкви и ведомство католиков» [7, л. 2]. Тогда же конгрегация направила в Петербург нового префекта – Доминика Монтемаренция (Монте Мареццо), и у «Туринца» уже не было оснований «мешкать» [8]. Однако Антонио, поддерживаемый великим князем и особенно его супругой, вовсе не собирался покидать Петербург и разными интригами старался увеличить число своих сторонников среди прихожан и придворных. Члены Римской курии, разгневанные его непослушанием, лишили Антонио да Торино звания и полномочий апостолического миссионера, дабы он их «не мог более употреблять ни в проповеди, ни в исповеди, ни в чем прочем, что до службы апостольской касается» [7, л. 9об.]. Патер покинул госпицию при церкви и стал жить у своих соотечественников, несмотря на то, что Юстиц-коллегия повелела ему в декабре 1759 г. выехать за границу в шестинедельный срок [7, л. 33об.]. Великая княгиня Екатерина Алексеевна распорядилась оставить его в столице, объясняя, что ей нужен переводчик литургических книг с русского языка на французский. Вообще будущая императрица приложила немало усилий, чтобы оставить опального префекта в столице, и добилась успеха, пообещав Папскому Престолу, что будет оказывать всяческое покровительство Римской церкви в России [8]. В результате в июне 1761 г. Антонио да Торино был реабилитирован в звании апостолического миссионера – впрочем, он не прекращал служение в церкви и в 1757–1760 гг., несмотря на запрет со стороны своих римских начальников [6, л. 40–50]. Монтемаренций, префект и супериор, летом 1761 г. был отозван из России; вместе с ним, по-видимому, отбыли и его товарищи – Иоанн Провин и Рафаэль Медиоланский, которые составляли партию противников Антонио Туринского и апеллировали к защите М.И. Воронцова (2 мая 1761 г. они представляли канцлеру Воронцову мемориалом о необходимости нового церковного строительства по причине увеличения числа петербургских католиков) [9, л. 1–6].

Новым префектом миссии тогда же был назначен итальянец из ордена реформатов Иероним (Джироламо) да Пауло Венето (Апоуль, Hieronymo a Paulo Veneto Minore Reformatus Praefecus Apostolicus), приехавший из Константинополя 21 декабря 1761 г. [10, л. 1]. Формально под его началом находился Антонио да Торино вместе с другими священниками, среди которых выделялся прибывший в августе 1762 г. о. Григорио да Бергамо (Gregorio Bergamensi). Немцев окормлял Эрнст Кюльбрун, служивший в приходе с июня 1759 г. [6, л. 40–85]; в 1762 г. ему в помощь прибыл еще один немец, сыгравший значимую роль в истории петербургской церкви, – о. Адольф Франкенберг. Однако немецкая диаспора, самая многочисленная среди католиков Петербурга, по-прежнему испытывала недовольство работой итальянцев и протестовала против пренебрежения германскими национальными церковными традициями с их стороны [8]. В 1763 г. межнациональная рознь и конфликт интересов среди духовенства вновь обострились, немцы выступили против Антонио и Григорио, которые действовали теперь заодно (немецкие прихожане писали в Рим, что последний «заразился от о. Антонио Франческо да Торино фривольными идеями») [8]. Конгрегация пропаганды в очередной раз повелела отцу Антонио покинуть Россию, а заодно решила отозвать и Григорио да Бергамо. Оба эти миссионера применили уже проверенную тактику: они апеллировали к содействовавшей им Екатерине II и не откликались на распоряжения Ватикана. Российская императрица встала на защиту опальных монахов: она доказывала Риму полезность отца Антонио и через своего министра при венском дворе Дмитрия Голицына рекомендовала патера на место петербургского префекта. Однако очень скоро и внезапно Екатерина II разочаровалась в своем протеже – существует небезосновательное мнение, что ситуацию переломил политический интерес императрицы, обустраивавшей немецкие колонии в Поволжье и рассчитывавшей на содействие Римской курии в этом процессе [8]. Так или иначе, но лишенный поддержки в высших кругах о. Антонио да Торино в начале 1765 г. уехал из России (согласно уже цитировавшейся метрической книге, последние крестильные обряды о. Антонио провел в конце 1764 г.). Столько раз оказывавший непослушание Престолу св. Петра, о. Антонио предпочел отказаться от церковного служения, обосновался в Стокгольме, женился и в дальнейшем работал учителем [8]. Факт нарушения целибата откровенно говорит о нравственном облике этого священнослужителя. По-видимому, еще раньше Антонио страну покинул о. Григорио да Бергамо (последние крещения в приходе он совершил в 1763 г.).

Беспорядкам в церкви содействовали и финансовые затруднения, которые испытывал приход по причине строительства собора св. Екатерины на Невском проспекте. Денег на амбициозный проект архитектора Ж.Б. Валлен-Деламота не хватало, а потому в 1766 г. произошло столкновение членов церковного совета (архитектора А. Виста, капельмейстера Ю. Мареша, скульптора-академика Л. Роллана и др.) с настоятелем Иеронимом, курировавшим строительство. Старосты жаловались на префекта, который «считает деньги костела как свои собственные, объявляет, что имеет власть согласно своей воле располагать ими без ведома и согласия прихожан» [11, с. 46]. Этот конфликт обнажил несовершенство системы управления католическими приходами в России и отсутствие законодательства, способного регулировать отношения в церковных организациях католиков. Екатерина II, следившая за развитием событий в петербургском костеле, тогда же повелела разработать специальный «Регламент, данный Санкт-Петербургской римско-католической церкви» [12, с. 1032–1035], который был обнародован 12 февраля 1769 г. [13, с. 8] Регламент нанес удар по авторитету Папского Престола в деле управления российскими общинами и расширил возможности контроля над ними со стороны имперской власти. Допустивший такой политический промах префект Иероним, и без того дискредитированный постоянными жалобами, был сразу же смещен, и покинул Петербург в конце 1766 г.; примерно в то же время выехал и Эрнст Кюльбрун (после 1766 г. его имя в метрических книгах не упоминается). Помимо отмеченных духовных особ, во время настоятельства о. Иеронима в приходе служили францисканцы Капистран Гофман (1764 г.), патер Мельхиор (1764–1766 г.) и патер Эммануэль (1764–1767 гг.) [6, л. 40–85]. Иногда таинства для отдельных лиц, служивших в посольствах, осуществляли клирики дипломатических представительств: в 1763 г. – капеллан испанского полномочного министра Альмодабора Игнатий Варела, в 1764 и 1766 г.  – капеллан испанского легата Франциск Ильдефонс  Гансалес [6, л. 65, 76об., 87].

Новый префект и супериор Ремидиус Прутки из Богемии, прибывший в августе 1766 г. на место о. Иеронима [6, л. 85], был ярым противником разрабатывавшегося Регламента и других исходивших от императрицы новшеств. О. Адольф Франкенберг, напротив, решил воспользоваться назревающим между Россией и папским Престолом конфликтом, и сумел настроить против нового «апостольского начальника» значительную часть прихожан и старост. Ремидиус пожаловался в конгрегацию, и Ватикан в сентябре 1767 г. объявил Адольфа бунтарем и смутьяном, требуя, чтобы он покинул Россию, однако по примеру другого ослушника, Антонио да Торино, Адольф отказался повиноваться [8]. Ремидиус пригрозил отлучением от таинств всем сторонникам Адольфа, поддерживавшим Регламент, за что разгневанная императрица указала под конвоем выслать префекта из страны [11, с. 54]. При Ремидиусе произошло очередное обновление состава клира: в петербургской церкви служили патеры-францисканцы Роман (1767 г.), Андреа Позорски (1767–1768 гг.), Донато (1767–1768 гг.) и Леонардо (1769 г.) [6, л. 89, 91об.;14, л. 1–4], которые покинули страну еще в период утверждения Регламента, а также о. Маркардус Штангер (Marquadrus Stanger) и о. Электус Андреа Цахерль (Целиг) из Баварии [6, л. 90об.;14, л. 20–21;15, л. 1–2]. Последние два францисканца прибыли в 1767 г. и остались работать в приходе в новых правовых условиях. Их начальником после высылки Ремедиуса волею Екатерины II был назначен Адольф – первый католический префект, поставленный во главе прихода не конгрегацией пропаганды, а российской императрицей (позднее, в феврале 1770 г., были произведены выборы супериора, на которых старосты избрали Адольфа) [16, л. 108–109]. Некоторые прихожане, несогласные с новыми порядками функционирования органов церковного управления, покинули приход и, по мнению М.М. Фатеева, «наступил темный этап» в его истории [8]. Однако это утверждение нельзя признать истинным, поскольку как раз во второй половине 1760-х гг. в конфессиональной жизни петербургских католиков происходит небывалый подъем, и динамика роста сохраняется позднее, в 1770-е гг., – в данный период отмечается рост общин, значительно увеличивается число крещений и венчаний [17, с. 8–9]. Разногласия в приходе продолжались и позже [11, с. 54] и, конечно же, негативно сказывались на его развитии, однако они не стали непреодолимым препятствием на пути к эффективной организации культовой жизни. Представляется, что, наоборот, до Регламента 1769 г., когда представители духовенства обладали известной административной самостоятельностью и мало зависели от синдиков, борьба за власть отдельных патеров наносила большой урон вероисповедной жизни петербургских католиков. Подчинение петербургской церкви имперской администрации внесло ясность в урегулирование церковных споров и способствовало стабилизации отношений внутри прихода. Последнюю треть XVIII в. можно считать эпохой относительного расцвета петербургского костела, несмотря на все сложности и противоречия, сохранявшиеся между отдельными группами верующих и видными прихожанами. Вспомним, что именно в этот период был построен великолепный храм св. Екатерины на Невском проспекте, а положение петербургского супериора стало более высоким, чем статус московского префекта. Костел св. Екатерины Александрийской превратился в главный католический храм страны, который до 1798 г. принадлежал исключительно францисканцам. С 1719 г. по 1798 г. католиков Петербурга окормляли иеромонахи ордена св. Франциска (капуцины, а затем обсерванты-реформаты, изредка конвентуальные), хотя существует указание Казановы де Сейнгаль на то, что в 60-е гг. богослужения в городе проводили кармелиты – указание, впрочем, мало заслуживающее доверия [18, с. 328].

Гибель церкви в Греческой слободе для объединенных в один приход католических общин Петербурга ознаменовала собой трудные времена: не хватало денежных средств на новое церковное строительство, периодически продолжали обостряться отношения между различными национальными группами верующих, в корне менялись принципы взаимодействия российских властей с папством – все это ставило проблему высококвалифицированных кадров священнослужителей для столицы Российской империи. Конгрегация пропаганды веры пыталась подобрать для петербургского прихода способных священников, однако удовлетворить интересы и прихожан, и курии, и российского самодержавия последним становилось все труднее. В этом клубке противоречий патеры часто вступали в конфликт с римскими властями, апеллировали к воле российских монархов, нарушая тем самым нормы канонического права Римской церкви. Церковная организация петербургских католиков продолжала официально функционировать в качестве миссии, но, по-видимому, священники, поглощенные другими проблемами, вели не столь активную прозелитическую работу, как их коллеги в первой трети XVIII в. Во всяком случае, пока не удалось установить ни одного факта обращения петербуржцев в католичество в период 1740-х – 1760-х гг. Ревнивое отношение Елизаветы Петровны к исповеданию православия ее подданными явно не благоприятствовало реализации миссионерских задач. Сколько-нибудь существенную педагогическую работу духовенство костела также не проводило (хотя в 1769 г. и упоминается действующей при храме на Невском школа для мальчиков, учились в ней дети только католиков и большой роли в образовании жителей столицы она не играла [19, л. 13, 123; 20, с. 317–318; 21, с. 182–191]). Тем не менее священники, рассчитывавшие на политическую поддержку и укрепление своего положения в приходе, по-прежнему стремились к тесному взаимодействию с петербургским высшим светом и государственными сановниками. Перед латинским духовенством стояли задачи умиротворения прихода, реконструкции церковных зданий, адаптации к новым политическим условиям – «ультра-православному» курсу Елизаветы Петровны и «просвещенному абсолютизму» Екатерины II, – и помощь в решении этих вопросов патеры ждали от «просвещенного» петербургского двора и русских вельмож. Не забывали священники и свои прямые церковные обязанности, несмотря на борьбу и противостояния в общинах. Увеличение масштабов конфессиональной деятельности прихода, произошедшее в 1760-е гг., стало прямым результатом приходской работы священников и одновременно выступило условием расширения конфессионального и культурного влияния петербургских католиков на русское общество в конце XVIII в. [22, с. 81–89].